Манастирска црква је посвећена Рођењу Богородице (Мала Госпојина, 21. септембар)
Према „Завештателном свитку“, чуваном до Другог светског рата, зна се да је, почетком 16. века, овај манастир подигао жички игуман Теофило са монасима. На месту где је постојала мала Црква Св. Николе позната као Реметско, сазидали су нову, посвећену Рођењу Богородице, а манастир назвали Шишатовац. У историјским изворима, нови манастир се помиње и у документу из прве половине 16. века, у којем османски Турци монасима дозвољавају да обнове келије. Шишатовац је у првој половини 17. века посетио патријарх Пајсије у намери да напише животопис српског деспота Стефана Штиљановића чије су се мошти налазиле у манастиру од средине 16. века.
У другој половини 18. века, порушен је стари камени храм и подигнута монументална барокна црква. Заслуге за њену изградњу има епископ вршачки Вићентије Поповић, а део заслуга за обнову и изградњу читавог манастирског комплекса имају и браћа Монастерлије, браћа Витковић и капетан Трифун Исаковић. Током обнове, у цркви су пронађени гробови Јована Монастерлије и Секуле Витковића.
У масивном звонику манастирске цркве, из средине 18. века, изграђена је капела посвећена Св. Георгију, свецу кога су као породичну славу славили Вук и Трифун Исаковић. Kапела на монашком гробљу посвећена Св. Петру и Павлу подигнута је средином 18. века заслугом Трифуна Исаковића.У Другом светском рату манастир је опљачкан, а црква и конаци минирани. Део опљачканог блага данас се чува у Музеју Српске православне цркве у Београду. Обнова манастира још увек траје.
Зидне слике и иконостас монументалне барокне цркве која и данас плени лепотом, осликао је, крајем 18. века, Григорије Давидовић Опшић. Сачувани су само делови овог иконостаса. Постоји одобрен пројекат израде иконостаса истоветног оном који је постојао пре Другог светског рата, али смо у манастиру сазнали да се не зна када ће се исти реализовати. Током Другог светског рата страдао је и првобитни иконостас капеле посвећене Св. Петру и Павлу (чије је царске двери осликао Димитрије Бачевић), а нови је осликао Вукашин Говедарица. Слика из трпезарије конака „Деспот Стефан Штиљановић дели жито народу из својих житница у свом граду Шиклеушу“, рад Арсе Теодоровића с почетка 19. века, у процесу је враћања манастиру.
У манастиру су од средине 16. века чуване мошти Св. Стефана Штиљановића (?–1543), а манастирска слава је на његов дан, 17. октобар. Мошти су спасене од уништења јер су 1942. пребачене у Београд, а сада се налазе у београдској Саборној цркви. Процес враћања мошти Св. Стефана Штиљановића је у току. Вековима се неговао култ овог свеца, нарочито у време када је архимандрит био Лукијан Мушицки (1777–1837). У манастиру су се чувале вредне књиге и рукописи међу којима су били „Повест Св. Стефана Штиљановића“ и препис „Душановог законика“, познат као „Шишатовачки рукопис“. Усташе су, током Другог светског рата, окрутно мучиле монахе и игумана манастира Рафаила (Момчиловића), школованог сликара, који је умро од последица мучења и пребијања. Kанонизован је 2000. године, а манастир 3. септембра обележава Св. Рафаила Шишатовачког.
ИНФОРМАЦИЈЕ ЗА ТУРИСТЕ: Посетоци могу разгледати Цркву рођења Богородице. Подразумева се одговарајући начин облачења (за жене покривена глава, дуга сукња, дуги рукави, а за мушкарце дуге панталоне и кошуља). У манастирском комплексу нису дозвољени пушење, алкохол и увођење кућних љубимаца. Групне посете је потребно најавити раније на тел. +381 (0)22 266 35 30 (ујутру)
